In 1954 kwam Thijssen als 16-jarige met zijn HBS-B diploma op zak van Maastricht naar Utrecht om er scheikunde te studeren. Hij ging er nooit meer weg. In 1967 promoveerde hij op het proefschrift Het metabolisme van progestatieve stoffen bij prof. dr. Marius Tausk. In de jaren daarna werd onder zijn leiding het Endocrinologisch Laboratorium van het Academisch Ziekenhuis Utrecht, thans UMCU, verder uitgebouwd. Hij werd binnen de faculteit geneeskunde in 1975 eerst lector, en op 1 januari 1980 hoogleraar met als leeropdracht